«Матрица»
Программист Нео встречает Тринити и Морфеуса. Оказывается, человечество проиграло в битве с машинами, и теперь люди служат источником энергии, а вся видимая реальность 90-х — это Матрица, симуляция. Положить конец эре машин может только избранный. Возможно, это Нео. За ответом команда корабля «Навуходоносор» обращается к Пифии — программе Матрицы. Но попадает в засаду, потому что на борту — предатель, продавшийся агентам Матрицы. Нео спасает Морфеуса из плена, умирает от пули агента Смита, но неожиданно для всех воскресает и получает силы избранного.
«Матрица: Перезагрузка»
Машины готовят масштабное наступление на последний город людей — Зион. Чтобы их остановить, Нео, Морфеус и Тринити снова отправляются к Пифии. В процессе они узнают, что уничтоженный Нео агент Смит возродился и освободился от контроля Матрицы, фактически став вирусом. По подсказке Пифии команда спасает Мастера ключей от программы Меровинген и прорывается к Архитектору Матрицы. От него Нео узнаёт, что появление избранных предусмотрено самой Матрицей. Теперь ему надо либо отобрать горстку людей, которые создадут новый Зион, и перезапустить Матрицу, либо спасти умирающую от пули агента Тринити — но тогда абсолютно всё человечество умрёт. Нео выбирает любовь и воскрешает Тринити.
«Матрица: Революция»
Пока идёт битва людей за будущее Зиона, Нео и Тринити летят в столицу машин. На борту предатель — человек, которого контролирует агент Смит. Он ослепляет Нео, но тот уже настолько крут, что ему не нужно даже зрение. Прорваться через оборону машин удаётся только ценой жизни Тринити. Нео встречается с главным компьютером и предлагает ему сделку: он уничтожит вирус агента Смита, рискующий захватить Матрицу, а взамен машины уйдут из Зиона и дадут всем людям право выбора: оставаться в Матрице или жить свободными. Сражение Смита выиграно, но Нео мёртв — машины уносят его тело.