Леонардо, Рафаэлю, Микеланджело и Донателло временно удалось одолеть злодея Шреддера, который теперь заключен под стражу. Однако во время перевозки из одной тюрьмы в другую Шреддер планирует...
побег. Эйприл узнает об этом из файлов профессора Стокмана, которые она добыла. Черепашки-ниндзя спешат по следам Шреддера, но тому удается улизнуть. В руках его оказался мощный прибор, превращающий людей в мутантов. Пришло время черепашкам-ниндзя снова показать, на что они способны.